سپرده‌گذاری مرکزی یا شرکت‌های تسویه و پایاپای اوراق‌بهادار سه وظیفه اصلی ثبت، پایاپای و تسویه معاملات اوراق‌بهادار را به عهده دارند و عمر فعالیت آنها هم‌زمان با فعالیت بورس‌های اوراق‌بهادار است. یعنی از زمان شکل گیری بورس‌های اوراق‌بهادار، فرآیندهای پس از معامله آن هم بوجود آمد که بطور طبیعی تسویه معاملات یعنی انتقای پول حاصل از معامله به فروشنده و تحویل اوراق بهادار به خریدار را انجام می‌داد. البته نحوه اجرایی این فعالیت در طول زمان دچار تغییرات گسترده شد و از حالت کاملا فیزیکی اولیه به روش کامل اکترونیک فعلی تغییر یافت.
همچنین در مراحل اولیه، این فعالیت‌ها توسط خود بورس‌ها انجام می‌شد اما پس از گسترده شدن آنها، این شرکت‌ها به صورت مستقل از بورس‌ها شروع بکار کردند. البته در بیشتر موارد شرکت‌های سپرده‌گذاری در تملک بورس‌ها قرار داشتند و دارند. نحوه ارتباط اطلاعاتی سامانه‌های پس از معاملات به سامانه‌های معاملات هم بسته به اندازه بازارها و تکنولوژی مورد استفاده به صورت آنلاین یا آفلاین تعریف می‌شود. بدیهی است در روش انلاین، اطلاعات معاملات به محض پردازش در سامانه معاملاتی به سامانه پس از معاملات فرستاده می‌شود و از این نظر سرعت نهایی شدن معاملات بالاتر از روش‌های آفلاین است که در آن مجموعه اطلاعات پس از اتمام جلسه معاملاتی و به صورت یکجا برای شرکت سپرده‌گذاری ارسال می‌شود. البته امروزه با پیشرفت‌های فناوری و تاکیدی که بورس ها در افزایش سرعت معاملات دارند انتقال اطلاعات بیشتر به صورت آنلاین انجام می شود
نکته دیگر در این ارتباط، نحوه مالکیت شرکت های سپرده گذاری است که در بشتر موارد در اختیار توسط بورس ها است. به عبارت دیگر این شرکت‌ها در زنجیره ارزش بورس ها قرار دارند و بخشی از خدمات بورس ها در انجام فرآیندهای معاملاتی در این شرکت‌ها انجام می‌شود. در بعضی موارد هم این شرکت‌ها به چند بورس مستقل خدمات ارائه می‌کنند.
در ایران هم مانند کشورهای دیگر، در ابتدا خدمات شرکت سپرده گذاری مرکزی و سامانه پس از معاملات، توسط خود بورس تهران ارائه می شد. اما در سال‌های ابتدایی دهه 80 و با توسعه بازار سرمایه تصمیم بر این شد که شرکت مستقلی برای ارائه خدمات مرتبط ایجاد شود که این شرکت فعالیت خود را از سال 84 آغاز کردکه قبل از تصویب قانون اوراق بهادار مصوب سال 1385 است. به عبارت دیگر این نهاد قبل از تصویب قانون تاسیس و فعالیت خود را آغاز کرد. البته به رغم گذشت بیش از 10 سال از تاسیس این شرکت، خدمات ارائه شده توسط آن با استانداردهای جهانی فاصله دارد و حتی متناسب با دیگر خدمات بازار سرمایه نیست. مهمترین مشکلات این حوزه به تکنولوژی مورد استفاده بر می‌گردد. متاسفانه به دلیل مشکلات موجود، سامانه پس از معاملات، متناسب با سامانه معاملات ارتقا پیدا نکرد و به همین دلیل برخی از قابلیت‌های سامانه معاملاتی غیر قابل استفاده ماند. یعنی به رغم سرمایه‌گذاری بورس برای ارتقای فرآیندهای معاملاتی، به دلیل کامل نشدن زیرساخت‌ها، همچنان مجبور به استفاده از خدمات کم کیفیت و قدیمی هستیم. البته در سال‌های گذشته، سامانه‌های جانبی برای ارائه خدمات تعریف و اجرایی شدند اما مشکل اصلی همچنان پابرجا است.
به یاد دارم بورس تهران در دوره‌ای پیشنهاد داد که نشست های معاملاتی به دو نشت صبح و بعد از ظهر افزایش یابد، اما سیستم سپرده گذاری این اجازه را نداد. بنابراین به نظرم یکی از محدودیت هایی که در این سیستم وجود دارد بحث فناوری است که پیشرفته نیست. دومین مشکل ساختار حقوقی پیچیده بازار سرمایه است، البته بخشی از آن به ساختار حقوقی کشور باز می گردد. بخش دیگر هم مختص بازارسرمایه و مقررات زیاد و گاه متناقض آن ست. مثلا بحث های پیچیده ای در خصوص ارث، توقیف دارایی، استعلام های قضایی و… وجود دارد و بسیار آنها وقت گیر است و روند کار را بسیار کند می کند.
به نظرم لازم است در این حوزه قوانین بازنگری شود و فرآیندها کوتاه تر و مبتنی بر رویه های اجرایی جدیدتر شکل گیرد.
مورد دیگر، عدم توسعه خدمات ارائه شده توسط شرکت سپرده‌گذاری متناسب به پیشرفت‌های روز در بازارهای جهانی است. به کارگیری قاعده تحویل در برابر پرداخت(DVP)، تسویه مرکزی(CCP) ، صندوق تضمین تسویه و مواردی از این دست با هدف مدیریت ریسک‌های مربوط به نکول تسویه سال‌ها است که به رویه عمومی در دنیا بدل شده است. همچنین بحث ارتباط فنی شرکت های سپرده گذاری مرکزی دنیا با همدیگر با هدف دسترسی به بازارهای اوراق بهادار دیگر کشورها پدیده‌ای کاملا رایج است. در حالی که ما در این زمینه بسیار عقب هستیم. پس لازم است چند فعالیت اصلی در این حوزه انجام شود که بتواند انتظارات فعالان بازار سرمایه را برآورده کند: اولین مورد توسعه فناوری و بکار‌گیری سامانه های مدرن در این حوزه و دومین مورد بازنگری رویه ای اجرایی و حقوقی در شرکت سپرده گذاری است و در نهایت ارایه خدمات جدید به فعالان بازار است. در ان صورت می‌توانیم اعا کنیم که خدمات با کیفیت و به‌روز به فعالان بازار ارائه می‌شود. بدیهی است عقب‌ماندگی در این حوزه خود منجر به عقب ماندگی در کل بازار خواهد شد. زیرا خدمات سپرده‌گذاری بستر اصلی شکل‌گیری یه بازار کارآمد است.